Litigiul cu Claudio Zambon
De la mutarea clubului AEK București în Timișoara, a început o serie de controverse între Claudio Zambon, patronul clubului de liga a IV-a și conducerea clubului mutat la Timișoara. Claudio Zambon a susținut că palmaresul și culorile clubului îi aparțin și că AEK nu avea dreptul să preia numele de Politehnica și să folosească culorile alb-violet. Clubul Politehnica AEK a susținut că a primit dreptul de utilizare a culorilor prin contractul de asociere semnat cu membrii fondatori.
Litigiul a ajuns până la Tribunalul de Arbitraj Sportiv de la Lausanne, care a dat dreptate lui Zambon, obligând gruparea lui Marian Iancu să-și schimbe numele și să folosească alte culori. Astfel, în 2007, echipa lui Marian Iancu și-a schimbat numele în FC Politehnica Știința 1921 Timișoara, dar Tribunalul de Arbitraj Sportiv a considerat că noua denumire este în continuare ușor de confundat cu cea a clubului din liga a IV-a, dând ca termen limită pentru schimbarea numelui data de 30 iunie2008, altfel acest club ar fi putut să nu fie primit în Cupa UEFA, competiție în care s-a calificat în sezonul 2007-2008 al Ligii I. În consecință, de la această dată, clubul a fost redenumit Fotbal Club Timișoara, iar culorile clubului au devenit mov-alb-negru.
Curtea Constituțională a respins apelul făcut de Claudio Zambon în instanță pentru recunoașterea palmaresului despre care afaceristul italian susținea că ar fi de drept în posesia lui. Universitatea Politehnica a câștigat astfel în instanță recunoașterea faptului că numele și culorile înregistrate la OSIM sunt „marcă înregistrată” și aparțin de drept acesteia. La începutul lunii septembrie, www.banateanul.ro dezvăluia în exclusivitate faptul că Oficiul de Stat pentru Invenții și Mărci a trimis o adresă clubului FC Timișoara, prin care certifica faptul că „Politehnica 1921 Știința Timișoara” este marcă înregistrată, iar culorile, stema și toate celelalte însemne aparțin de drept clubului.
În februarie 2011, Curtea de Apel București a decis că SC Fotbal Club Politehnica Timișoara SA, societatea la care Zambon era acționar, nu a intrat la data înființării sale în posesia mărcii, culorilor și a palmaresului clubului, acestea rămânând în proprietatea Asociației Fotbal Club Politehnica Timișoara, condusă de Marian Iancu. În motivarea deciziei se precizează că Asociația Fotbal Club Politehnica Timișoara nu a operat nicio transmitere a patrimoniului către societatea pe acțiuni deținută de Claudio Zambon și că a continuat să existe și să funcționeze chiar după întocmirea actului constitutiv al societății pe acțiuni.
La 28 iunie 2008, în urma modificării înregistrate la Registrul Comerțului, FC Timișoara a redevenit Politehnica Timișoara, iar începând cu sezonul 2010-2011 va avea dreptul să folosească din nou denumirea de la data înființării clubului.